Manusia abadi misterius yang dikenal sebagai “Ajin” pertama kali muncul 17 tahun yang lalu di Afrika. Setelah penemuan mereka, mereka dicap sebagai ancaman bagi umat manusia, karena mereka mungkin menggunakan kekuatan mereka untuk kejahatan dan tidak mampu dihancurkan. Sejak itu, setiap kali Ajin ditemukan dalam masyarakat, mereka harus ditangkap dan ditahan segera.
Belajar keras untuk menjadi seorang dokter, Kei Nagai adalah siswa sekolah menengah yang tahu sedikit tentang Ajin, hanya setelah melihat mereka muncul di berita setiap saat. Siswa diajari bahwa makhluk-makhluk ini tidak dianggap manusia, tetapi Kei tidak terlalu memperhatikan di kelas. Akibatnya, genggamannya yang sangat kecil tentang hal ini terbukti sama sekali tidak relevan ketika ia selamat dari kecelakaan yang seharusnya merenggut nyawanya, menandakan kelahirannya kembali sebagai seorang Ajin dan awal dari hari-hari penyiksaannya. Namun, ketika ia mendapati dirinya sendirian dalam pelarian dari seluruh dunia, Kei segera menyadari bahwa lebih banyak spesiesnya mungkin jauh lebih dekat daripada yang ia pikirkan.
