Setelah kematian orang tuanya, Yuuto Amakawa menjalani kehidupan yang cukup biasa di kota. Satu-satunya masalah yang harus dia khawatirkan saat bersekolah bersama Rinko, tetangga sebelahnya, adalah alergi kucingnya. Semua itu berubah pada hari ulang tahunnya yang keenam belas, ketika seorang Ayakashi — makhluk gaib — menyerangnya karena dosa leluhurnya. Untungnya, dia diselamatkan oleh Himari, seorang kucing-wanita misterius dengan pedang, yang menjelaskan bahwa Yuuto adalah keturunan dari keluarga pembunuh-setan, dan dia ada di sana untuk melindunginya sekarang karena pesona yang membuatnya tersembunyi dari supranatural kekuatan dunia telah kehilangan kekuatannya.
Omamori Himari menceritakan hubungan Yuuto dengan berbagai kekuatan dunia supranatural, serta semakin banyak wanita yang muncul di depan pintu rumahnya, masing-masing dengan keinginan gelap mereka sendiri. Akankah Yuuto dapat menyesuaikan diri dengan lingkungan barunya yang “menarik”? Ataukah hantu masa lalunya akan menyusulnya?
