Enam bulan lalu, Lord Hugh Anthony Disward, juga dikenal sebagai Huey, kehilangan kakeknya yang eksentrik, Sir Wesley Disward, yang merupakan kolektor buku langka yang terkenal. Kehendak kakeknya menyatakan bahwa, untuk mewarisi istana dan segala isinya, ia harus mengambil perwalian atas Bibliotheca Mystica de Dantalian — arsip yang berisi pengetahuan terlarang — dan juga merawat seorang gadis misterius bernama Dalian.
Saat Huey menetap di manor, saingan lama kakeknya mengatur pertemuan dengannya. Dalian, yang tahu bahwa saingannya adalah pembunuh Wesley, ikut serta dan menemukan bahwa si pembunuh memiliki Buku Phantom — sebuah kisah terkutuk yang coba disegel Wesley. Ketika buku itu menempatkan keduanya dalam bahaya, Huey menemukan bahwa Bibliotheca Mystica de Dantalian dan Dalian adalah satu dan sama, dan dia mempercayakan Huey dengan kunci untuk membuka kunci pengetahuan yang tersimpan di dalam dirinya. Bersama-sama, Dalian dan Huey menyegel buku itu, dan dengan demikian memulai kemitraan yang tidak mungkin ketika mereka memecahkan misteri yang disebabkan oleh Buku-buku Phantom lainnya.
