Kanji Sasahara adalah mahasiswa baru introvert yang hanya mencari tempat untuk menyesuaikan diri. Suatu hari, ia kebetulan menemukan klub yang dikenal sebagai Masyarakat untuk Studi Budaya Visual Modern — atau dikenal sebagai Genshiken — yang berfungsi membawa spektrum penuh budaya otaku bersama. Namun, kunjungan pertamanya ke klub tidak berakhir dengan baik karena kebanggaan Sasahara dihancurkan oleh seniornya, Harunobu Madarame, dan dia meninggalkan pertemuan itu dengan menyangkal sepenuhnya sifat otaku. Namun, setelah berteman dengan anggota klub Makoto Kousaka, yang ternyata menjadi otaku yang keras terlepas dari penampilannya, Sasahara menjadi lebih terlibat dengan kegiatan klub yang termasuk terobsesi dengan anime favorit mereka, membaca doujinshi, dan menghadiri konvensi. Di sana, ia bertemu orang-orang menarik lainnya seperti pacar keras Kousaka yang bukan otaku, Saki Kasukabe, yang berusaha mengubah pacarnya menjadi “lelaki normal.”
Sementara Saki berjuang untuk memahami budaya otaku dan cinta pacarnya, Sasahara mendapati dirinya menikmati waktunya di Genshiken, secara berangsur-angsur melepaskan setiap penyangkalan yang pernah ia miliki tentang menjadi seorang otaku dan membenamkan dirinya dalam gaya hidup otaku.
