Tahun itu adalah 2071. Umat manusia telah didorong ke jurang kepunahan setelah munculnya monster pemakan manusia yang disebut “Aragami” yang membanggakan kekebalan terhadap persenjataan konvensional. Mereka merusak tanah, menghabiskan hampir semua yang ada di jalan mereka dan tidak meninggalkan apa pun di belakang mereka. Untuk memerangi mereka, sebuah organisasi bernama Fenrir dibentuk sebagai upaya terakhir untuk menyelamatkan umat manusia melalui penggunaan “God Eaters” – manusia khusus yang diinfuskan dengan sel Oracle, yang memungkinkan mereka untuk menggunakan Arc Dewa, satu-satunya senjata yang diketahui mampu membunuh sebuah Aragami. Salah satu God Eater tersebut adalah Lenka Utsugi, Tipe Baru yang Arc Dewanya berbentuk pisau dan senjata.
Sekarang, sebagai salah satu senjata terbesar Fenrir, Lenka harus menguasai Arc Dewa-nya jika dia ingin memenuhi keinginannya untuk memusnahkan Aragami untuk selamanya. Para monster terus terlahir secara massal sementara sisa-sisa umat manusia berjuang untuk bertahan hidup malam itu. Hanya God Eaters yang berdiri di antara Aragami dan penghancuran total dan total umat manusia.
