Perang rel! terjadi di alam semesta alternatif di mana pemerintah Jepang tetap mengendalikan sistem kereta api bangsa. Karena stabilitas yang diberikan oleh kepemimpinan pemerintah, sistem kereta api dibiarkan berkembang.
Naoto Takayama bercita-cita untuk menjadi karyawan Japan National Railways karena kehidupannya yang nyaman memungkinkannya untuk hidup. Untuk mencapai hal ini ia memasuki program pelatihannya, di mana siswa harus menunjukkan pengetahuan mereka tentang kereta serta kemampuan mereka untuk siap menghadapi setiap tantangan yang mungkin timbul.
Selama periode ini ia akan bertemu dengan siswa lain seperti Aoi Sakura yang berbakat secara atletik, Sho Iwaizumi yang selalu lapar, dan ensiklopedia manusia Haruka Komi. Bersama-sama mereka akan bekerja untuk bertahan hidup di masa pelatihan mereka, sambil mengambil penjambret dompet, ancaman bom, dan momok yang mengancam dari kelompok “RJ” ekstremis yang ingin memprivatisasi sistem kereta api.
