Pada tahun 1600, di medan perang Sekigahara yang tertutup kabut, pertempuran sengit dilancarkan oleh dua pendekar pedang teladan. Salah satunya adalah Kyoushirou Mibu, seorang pejuang yang terampil dan mulia yang memiliki kekuatan unik dari Klan Mibu. Yang lainnya adalah pembunuh berantai seribu orang, dengan mata dan rambut berwarna darah, “Mata Setan” Kyou. Bentrokan legendaris mereka terpotong ketika sebuah meteor dari langit jatuh ke medan perang itu, meninggalkan keduanya untuk menghilang setelahnya.
Samurai Deeper Kyou dimulai empat tahun setelah pertempuran itu, ketika seorang pemburu hadiah yang memegang senjata bernama Yuya Shiina memburu Kyoushirou — sekarang seorang dukun yang sesat dan bepergian yang telah mengumpulkan banyak hutang. Dalam perjalanannya untuk mengklaim hadiahnya, mereka diserang oleh monster tidak manusiawi yang berusaha melahap Kyoushirou. Pertemuan ini membangkitkan “Mata Setan” Kyou, yang pikirannya telah terperangkap di dalam tubuh Kyoushirou sejak pertempuran yang menentukan itu. Maka dimulailah sebuah kisah besar tentang dua pendekar pedang yang legendaris dan penemuan rahasia mereka.
