Kannazuki no Miko dimulai di desa Mahoroba, di mana waktu berlalu dengan lambat bagi manusia dan alam. Dua siswa dari Akademi Ototachibana yang bergengsi di desa mungkin juga siang dan malam. Himeko pemalu dan tidak tegas, sementara Chikane berani dan elegan. Meskipun demikian, mereka saling mencintai, dan tidak ada yang bisa menghalangi mereka, tidak peduli seberapa keras mereka berusaha.
Pada ulang tahun bersama kedua gadis itu, suara seram merusak salah satu teman mereka untuk menyerang mereka, dan tepat ketika itu tampak paling suram, kekuatan pendeta bulan dan tenaga surya yang terbengkalai di dalam dua gadis terbangun, mengusir kejahatan. Namun itu hanya rintangan pertama. Keduanya sekarang harus menangkis orang lain yang tak terhitung jumlahnya yang akan mengancam kesejahteraan mereka — bahkan orang-orang terdekat mereka!
