Di masa depan yang jauh, manusia meninggalkan Bumi yang hancur dan melakukan perjalanan ke luar angkasa. Namun, karena fenomena yang tidak diketahui yang mencegah mereka melakukan perjalanan ke luar angkasa, umat manusia kembali ke Bumi hanya untuk menemukannya tidak ramah kecuali untuk Jepang.
Untuk mengakomodasi seluruh populasi manusia, dimensi saku dibuat di seluruh Jepang untuk menampung populasi. Untuk menemukan cara untuk kembali ke luar angkasa, manusia mulai memerankan kembali sejarah manusia menurut Kitab Suci Perjanjian. Tetapi pada tahun 1413 dari Era Perjanjian, bangsa-bangsa dari dimensi kantong menyerang dan menaklukkan Jepang, membagi wilayah itu menjadi wilayah feodal dan memaksa penduduk asli Jepang untuk pergi.
Sekarang adalah tahun 1648 dari Era Perjanjian, para pengungsi Jepang sekarang tinggal di kapal kota Musashi, di mana ia terus melakukan perjalanan keliling Jepang sambil diawasi oleh Serikat Perjanjian, otoritas yang menjalankan pemeragaan kembali sejarah. Namun, rumor tentang kiamat dan perang mulai menyebar ketika Perjanjian berhenti mengungkapkan apa yang terjadi selanjutnya setelah 1648.
Mengambil keuntungan dari situasi ini, Toori Aoi, kepala Federasi Tertinggi Akademi Musashi Ariadust dan Ketua OSIS, memimpin teman-teman sekelasnya untuk menggunakan kesempatan ini untuk mendapatkan kembali tanah air mereka.
