Menyusul perang dahsyat melawan ras raksasa yang dikenal sebagai Zentradi, umat manusia telah melarikan diri menuju pusat galaksi di atas armada kapal kolonial yang disebut Macross Frontier. Ketika ancaman makhluk luar angkasa semakin jauh tertinggal, kehidupan di Macross Frontier berjalan seperti biasa.
Pada tahun 2059, seorang pilot mecha trainee muda bernama Alto Saotome dan rekan-rekannya bersiap untuk melakukan rutinitas yang menyertai penyanyi terkenal Sheryl Nome, yang datang ke Macross Frontier untuk konser. Selama pertunjukan, spesies alien biomekanik yang dikenal sebagai Vajra muncul secara tiba-tiba, menembus perimeter pertahanan di sekitar kapal dan pendaratan di dekat tempat konser, membuat seluruh kota menjadi kacau. Ketika penonton konser mengungsi, seorang gadis muda bernama Ranka Lee tertinggal dan menjadi sasaran oleh Vajra, tetapi dia diselamatkan pada menit terakhir oleh Alto. Setelah peristiwa-peristiwa ini, program Layanan Militer Strategis mencatat keterampilan Alto dalam pertempuran, menghasilkan rekrutmennya untuk memerangi ancaman alien baru.
