Delapan tahun setelah kematian ayahnya yang misterius, Kaito Kuroba, seorang remaja yang sedikit nakal tetapi juga orang biasa, menemukan rahasia yang mengejutkan: Pencuri Hantu Kaito Kid — juga dikenal sebagai “Penyihir di Bawah Sinar Bulan” —tidak lain adalah ayahnya. . Mantan pencuri itu dibunuh oleh sebuah organisasi kriminal yang mencari batu mitos yang disebut Permata Pandora, dikatakan meneteskan air mata dengan berlalunya Lembah Komet yang datang setiap sepuluh ribu tahun. Ketika air mata dikonsumsi, permata seharusnya memberikan keabadian.
Bersumpah untuk membawa mereka yang bertanggung jawab atas kematian ayahnya ke pengadilan, Kaito don penyamaran Pencuri Phantom, mencuri perhiasan berharga malam demi malam untuk menemukan Permata Pandora sebelum musuh-musuhnya dapat menggunakan kekuatan untuk diri mereka sendiri.
