Setelah banyak kesulitan dalam hidupnya, Chise Hatori berakhir di sebuah pelelangan, di mana dia dibeli dan kemudian dibebaskan oleh Penyihir Thorn yang terkenal, Elias Ainsworth, hanya untuk tinggal dan menjadi muridnya. Meskipun hidupnya luar biasa sekarang, kedatangan buku bergambar, “The Lonely Little Star,” membawa kembali kenangan masa-masa sulit dan kesepian yang dialaminya.
Sebagai seorang anak, Chise mengalami tragedi hebat: kematian ibunya. Dijauhi dan tidak diinginkan oleh teman sebaya dan kerabatnya, ia telah menjalani kehidupan yang terpisah dan menyedihkan. Namun, penemuan tak terduga dari perpustakaan misterius di hutan memberinya tempat pelipur lara sementara. Melalui membaca buku-buku yang tak terhitung jumlahnya dan menghabiskan waktu dengan pustakawan yang baik hati, Chise perlahan mulai merasa kurang sendirian di dunia. Tapi bisakah perpustakaan aneh ini memiliki sisi yang lebih gelap?