Ketika Kanako Miyamae dipindahkan ke sekolah khusus perempuan yang baru, dia berharap untuk menemukan cinta sejati. Yang dia temukan adalah Mariya Shidou yang cantik, teman sekelas yang menawan Kanako bertemu di hari pertamanya. Tetapi Mariya memiliki satu kelemahan: dia sebenarnya adalah bocah berpakaian ganti! Setelah menemukan rahasia Mariya dan terjebak dengannya sebagai teman sekamarnya, kehidupan Kanako telah menjadi serangkaian kemalangan. Yang dia inginkan adalah menemukan gadis impiannya, yang sulit dilakukan dengan campur tangan Mariya yang sadis dan pelayannya yang tajam, Matsurika Shinouji.
Maria † Holic Alive melanjutkan kisah Kanako ketika dia berurusan dengan menjadi teman sekamar Mariya dan bertujuan untuk menemukan cinta sejati, sambil bertahan di sekolah menengah itu sendiri.
