Mencapai periode kehidupan di mana mereka bukan anak-anak atau orang dewasa, Hanabi Ayase yang berusia 12 tahun dan Aoi Yui bertemu dengan peristiwa yang mengubah hidup. Karena kelakuan nakal teman-teman sekelasnya, Ayase tidak menganggap tinggi lawan jenis. Namun, sudut pandangnya mulai berubah setelah dia dipasangkan dengan Takao Yuuto yang baik hati untuk tugas kelas dan secara tak terduga berbagi ciuman pertama mereka satu sama lain di atap sekolah.
Dengan sahabatnya menemukan cinta, Aoi ingin mencari miliknya. Dia menemukan dirinya jatuh cinta dengan ruam Kazuma Hiyama setelah melindunginya dari pelamar yang ditolak yang telah berbicara di belakangnya.
12-sai .: Chicchana Mune no Tokimeki mengikuti keempat dalam fase remaja ini. Ketika mereka tumbuh bersama, romansa manis ini menggambarkan kepolosan dan kegembiraan cinta pertama.
