Ditetapkan dalam waktu dekat di Jepang, tahun 2035. Sebuah insiden besar dikenal sebagai “Burst” yang disebabkan oleh penelitian kehidupan buatan. AI tertentu yang disebut “Materi” telah mengikis Ngarai Kurobe. Memasuki kota penelitian, yang disebut sebagai harapan terakhir umat manusia, telah dilarang oleh pemerintah.
Dua tahun kemudian, Aiko Tachibana, seorang gadis berusia 15 tahun yang kehilangan keluarganya karena insiden itu, diberi tahu oleh seorang siswa pindahan bernama Yuuya Kanzaki kebenaran bahwa Aiko tidak tahu mengenai rahasia yang tersembunyi di dalam tubuhnya. Kunci untuk memecahkan misteri dikatakan berada di Primary Point, pusat Burst. Ketika seorang bocah lelaki dan perempuan, yang mengemban masa depan kemanusiaan, bertemu, apa yang akan menjadi kebenaran baru?
