Reina Aharen, seorang siswa kecil dan imut dengan suara tenang, cukup buruk dalam menentukan jarak dan ruang pribadi. Terkadang dia beberapa inci dari wajah Anda, dan di lain waktu, terlalu jauh! Satu-satunya yang mencoba memahami kejenakaannya adalah Raidou Matsuboshi, yang duduk di sampingnya di kelas. Dia memiliki wajah yang mengancam, tetapi pada kenyataannya, dia adalah anak yang baik dengan imajinasi yang terkadang bisa liar.
Aharen-san wa Hakarenai mengikuti pasangan aneh itu saat persahabatan aneh mereka mulai berkembang ketika Raidou mengambil penghapus Aharen untuknya. Dia salah mengartikan sikapnya dan sekarang percaya bahwa mereka adalah teman terbaik, menunjukkan bagaimana hal yang paling sederhana dapat terbukti menjadi tantangan yang paling rumit bagi mereka.