Penemuan hypergate di Bulan pernah memungkinkan umat manusia untuk berteleportasi ke Mars. Mereka yang memilih untuk menetap di sana menggali teknologi yang jauh lebih maju daripada planet asal mereka, yang mereka namakan “Aldnoah.” Penemuan ini mengarah pada pendirian Vers Empire of Mars dan pernyataan perang melawan “Terrans,” mereka yang tetap tinggal di Bumi. Namun, pertempuran di bulan – yang kemudian disebut “Kejatuhan Surga” – menyebabkan hypergate meledak, menghancurkan bulan dan memimpin kedua planet untuk membuat gencatan senjata yang tidak mudah.
Kedamaian mereka sangat rapuh. Lima belas tahun kemudian, siswa sekolah menengah Inaho Kaizuka menyaksikan pembunuhan berencana atas Putri Kekaisaran Vers Asseylum Vers Allusia, yang datang ke Bumi dengan harapan memperbaiki hubungan antara kekaisaran dan tanah airnya. Gencatan senjata hancur, dan orang-orang Mars menyatakan perang terhadap Terrans sekali lagi. Dalam menghadapi musuh yang tidak dapat diatasi ini, Inaho dan teman-temannya sekarang harus berjuang melawan Kekaisaran Vers untuk menyelesaikan perang sekali dan untuk semua.
