Sejak kematian istrinya, Kouhei Inuzuka telah merawat putrinya yang muda, Tsumugi, dengan kemampuan terbaiknya. Namun, dengan minimnya pengetahuan kuliner dan pekerjaannya yang sibuk sebagai guru, ia bergantung pada makanan siap saji dari toserba untuk memberi makan gadis kecil itu. Frustrasi karena ketidakmampuannya sendiri untuk menyediakan makanan segar dan bergizi untuk putrinya, Kouhei menerima tawaran dari muridnya, Kotori Iida, untuk datang makan malam di restoran keluarganya. Tetapi pada kunjungan pertama mereka, ayah dan anak itu mendapati bahwa restoran itu sering tutup karena ibu Kotori sedang pergi kerja dan bahwa Kotori sering makan sendirian. Setelah banyak memohon dari muridnya, Kouhei memutuskan untuk terus pergi ke restoran dengan Tsumugi untuk memasak dan berbagi makanan buatan rumah yang lezat dengan Kotori.
Amaama to Inazuma mengikuti kisah yang mengharukan dari seorang ayah yang peduli yang berusaha sekuatnya untuk membuat putri kecilnya yang menggemaskan bahagia, sambil menjelajahi makna dan nilai-nilai di balik memasak, keluarga, dan makanan hangat di rumah yang sering dianggap remeh.