Pada tahun 1972, seorang siswa populer di kelas 3-3 Sekolah Menengah Utara Yomiyama bernama Misaki meninggal dunia selama tahun sekolah. Sejak itu, kota Yomiyama telah diselimuti oleh suasana yang menakutkan, dari rahasia gelap yang tersembunyi jauh di dalam.
Dua puluh enam tahun kemudian, Kouichi Sakakibara yang berusia 15 tahun pindah ke kelas 3-3 dari Yomiyama North dan segera setelah menemukan bahwa suasana yang aneh dan suram tampaknya menggantung pada semua siswa. Dia juga mendapati dirinya tertarik pada siswa misterius, yang mengenakan penutup mata, Mei Misaki; Namun, seluruh kelas dan guru-guru tampaknya memperlakukannya seolah dia tidak ada. Tidak mengindahkan peringatan dari semua orang termasuk Mei sendiri, Kouichi mulai lebih dekat tidak hanya dengan dia, tetapi juga dengan kebenaran di balik fenomena mengerikan yang menjangkiti kelas 3-3 di Yomiyama North.
Yang lain mengikuti Kouichi, Mei, dan teman-teman sekelasnya saat mereka terseret ke dalam teka-teki seputar serangkaian peristiwa tragis yang tak terhindarkan — tetapi mengungkap kengerian Yomiyama mungkin hanya membuat mereka harus membayar mahal.
