Pada abad ke-24 di planet Aqua, tiga gadis — Akari Mizunashi, Alice Carroll, dan Aika S. Granzchesta — terus bekerja keras untuk mencapai tujuan mereka menjadi Prima Undines: pendayung gondola pemandu wisata profesional. Untungnya, gadis-gadis itu mendapat bimbingan dari tiga Undines Prima terbaik di Neo-Venezia — Alicia Florence, Athena Glory, dan Akira E. Ferrari — yang dikenal sebagai “Peri Air” untuk menghormati keterampilan mereka. Dengan bantuan mereka, pekerja magang muda berlatih keras dan bekerja untuk mengatasi situasi apa pun yang mereka alami.
Aria The Origination mengikuti kesulitan dan kehidupan sehari-hari dari ketiga gadis muda ini, yang melakukan yang terbaik untuk meningkatkan diri sebagai pendayung tur di Neo-Venezia, replika terraformed Venesia.
