Tomoya Okazaki adalah berandalan yang merasa hidupnya membosankan dan percaya dia tidak akan pernah berarti apa-apa. Bersama dengan temannya Youhei Sunohara, ia bolos sekolah dan berencana untuk menghabiskan hari-hari sekolah menengahnya.
Suatu hari saat berjalan ke sekolah, Tomoya melewati seorang gadis muda bergumam pelan pada dirinya sendiri. Tanpa peringatan dia berseru “Anpan!” (Makanan Jepang populer) yang menarik perhatian Tomoya. Dia segera menemukan nama gadis itu adalah Nagisa Furukawa dan bahwa dia berseru hal-hal yang dia sukai untuk memotivasi dirinya sendiri. Nagisa mengklaim mereka sekarang berteman, tetapi Tomoya pergi meninggalkan pertemuan itu sebagai bukan apa-apa.
Namun, Tomoya menemukan dia semakin memperhatikan Nagisa di sekitar sekolah. Akhirnya dia mengakui dan berteman dengannya. Tomoya mengetahui bahwa Nagisa telah ditahan selama setahun karena sakit parah dan mimpinya adalah untuk menghidupkan kembali klub drama sekolah. Mengklaim dia tidak ada yang lebih baik untuk dilakukan, dia memutuskan untuk membantunya mencapai tujuan ini bersama dengan bantuan empat gadis lain.
Ketika Tomoya menghabiskan lebih banyak waktu dengan gadis-gadis itu, dia belajar lebih banyak tentang mereka dan masalah mereka. Ketika dia mencoba untuk membantu setiap gadis mengatasi rintangan masing-masing, dia mulai menyadari bahwa hidup tidak sebodoh yang pernah dia pikirkan.
