Shinichi Kudou, seorang siswa sekolah menengah yang memiliki bakat luar biasa dalam pekerjaan detektif, terkenal karena telah menyelesaikan beberapa kasus yang menantang. Suatu hari, ketika Shinichi melihat dua orang yang mencurigakan dan memutuskan untuk mengikuti mereka, dia secara tidak sengaja menjadi saksi dari kegiatan ilegal yang mengganggu. Sayangnya, ia terjebak dalam tindakan itu, sehingga para lelaki itu memberinya obat percobaan yang dirumuskan oleh organisasi kriminal mereka, meninggalkannya hingga mati. Namun, yang mengejutkannya, Shinichi hidup untuk melihat hari lain, tetapi sekarang dalam tubuh seorang anak berusia tujuh tahun.
Mempertahankan kecerdasan aslinya dengan sempurna, ia menyembunyikan identitas aslinya dari semua orang, termasuk teman masa kecilnya Ran Mouri dan ayahnya, detektif swasta Kogorou Mouri. Untuk tujuan ini, ia mengambil alias Conan Edogawa, terinspirasi oleh penulis misterius Arthur Conan Doyle dan Ranpo Edogawa.
Detektif Conan mengikuti Shinichi yang, sebagai Conan, mulai secara diam-diam menyelesaikan kasus-kasus senior Mouri dari balik layar dengan keahliannya yang menakjubkan, sementara secara diam-diam menyelidiki organisasi yang bertanggung jawab atas keadaannya saat ini, berharap dapat membalikkan efek obat itu suatu hari nanti.
