Dunia Digital berada dalam keadaan perang, dengan Tentara Bagra jahat berusaha untuk mengumpulkan fragmen dari Code Crown. Siapa pun yang berhasil mengumpulkan semua 108 fragmen akan menjadi raja Dunia Digital. Kelompok jahat Digimon, yang dikenal sebagai Pasukan Bagra, bertekad untuk mendapatkan Kode Mahkota.
Digimon Xros Wars menampilkan Taiki Kudou, seorang siswa sekolah menengah yang suka sepak bola yang akan selalu berusaha keras untuk membantu orang yang membutuhkan. Ketika keluar bersama teman-temannya Akari Hinomoto dan Zenjirou Tsurugi suatu hari, dia mendengar suara memanggil bantuan. Menyelidiki situasinya, ia bertemu dengan Digimon bernama Shoutmon yang terluka parah di gang di dekatnya. Menggunakan kekuatan perangkat aneh yang disebut Xros Loader, Taiki berhasil menyelamatkan nyawa Shoutmon, tetapi ditarik ke Dunia Digital bersama Akari dan Zenjirou.
Bertekad untuk tidak membiarkan Bagra yang jahat menguasai mereka, Taiki dan teman-temannya bergabung dengan Shoutmon dan Digimon lokal lainnya untuk membentuk pasukan mereka sendiri yang dikenal sebagai Xros Heart. Sekarang Xros Heart harus berjuang melintasi Dunia Digital untuk mengumpulkan fragmen Code Crown dan mengalahkan Pasukan Bagra, tetapi Taiki dan teman-temannya bukan satu-satunya manusia yang terperangkap dalam perang monster ini …
