Meskipun sudah setahun sejak Klub Berenang Sekolah Menengah Iwatobi dibentuk, anggota baru belum bergabung dengan klub. Sekarang Haruka Nanase dan Makoto Tachibana adalah siswa senior, bersama dengan teman-teman mereka yang lebih muda Nagisa Hazuki dan Rei Ryuugazaki, mereka harus menemukan cara untuk menarik anggota baru. Jika tidak, klub akan terpaksa menutup tahun berikutnya karena kurangnya keanggotaan.
Sementara itu, dengan kelulusan yang akan datang, sudah saatnya bagi para senior untuk memutuskan rencana mereka untuk masa depan. Tidak seperti teman mereka Rin Matsuoka, kapten baru Samezuka Academy Swim Club yang bertekad untuk memenuhi mimpinya menjadi perenang profesional, Haruka dan Makoto tidak yakin tentang jalur karier apa yang ingin mereka ambil.
Masalah lebih lanjut muncul ketika seorang teman lama Rin, Sousuke Yamazaki, datang ke kota untuk belajar di Akademi Samezuka; kedatangan perenang yang baru-baru ini dibina itu menyebabkan ketegangan dalam hubungan di antara dia, Rin, dan Haruka.
