Amaumi Haruhiko adalah siswa sekolah menengah yang menghadiri Shimano Academy di sebuah kota bernama Narasakicho. Narasakicho berisi pelangi tak dikenal yang terus-menerus menghadap ke kota dan berkaitan dengan pemberian permintaan ajaib yang disebut “Hadiah.” Hadiah adalah hadiah sekali seumur hidup antara dua orang.
Sebagai seorang anak, Haruhiko telah dekat dengan teman masa kecilnya, Kirino, sampai ia mendapatkan saudara perempuan yang tidak berdarah dengan nama Riko. Haruhiko mengembangkan hubungan yang kuat dengan Riko sampai mereka sedih pergi karena ayah Haruhiko tidak bisa lagi mendukung mereka berdua.
Setelah beberapa kali berlalu, Riko akhirnya kembali ke kota Narasakicho, dan bersama dengan Kirino, mulai menghadiri Akademi Shimano bersama Haruhiko. Serial ini berputar di sekitar hubungan antara protagonis utama dan perlahan-lahan mengungkapkan kisah di balik Hadiah dan pelangi.
