Siswa dan gamer sekolah menengah Suigin Riku menghadiri Akademi Swasta Shinryou yang bergengsi, sebuah sekolah untuk para elit dan anak-anak orang kaya. Tapi kaya atau kaya bukanlah kata-kata yang menggambarkan Suigin; sebenarnya, dia miskin tanah dan harus bekerja banyak pekerjaan paruh waktu untuk membayar uang sekolahnya. Selama satu pekerjaan seperti itu, dia menyelam ke kolam untuk menyelamatkan kucing kesayangannya, menyadari sepenuhnya bahwa dia tidak bisa berenang. Untungnya, dia diselamatkan oleh Rei Riku, putri yang cantik dan populer dari seorang pengembang game, dan dia jatuh cinta padanya.
Dia juga tertarik pada gadis lain: teman baru yang dia temui di Dungeon Century, RPG online favoritnya. Tetapi ketika game dijadwalkan untuk ditutup, dia tahu petualangannya dengan dia akan segera berakhir. Namun, sehari setelah permainan ditutup, ia mengetahui bahwa Rei dan gadis online itu satu dan sama. Segera setelah itu, Rei memberi Suigin game baru yang dimaksudkan untuk menggantikan Dungeon Century — game raiding makam yang disebut Grave Buster. Tetapi ketika Rei tiba-tiba diculik, Suigin ditarik ke dalam Grave Buster untuk menyelamatkannya.
Gin no Guardian mengikuti Suigin saat ia bermain melalui Grave Buster untuk menyelamatkan Rei, sambil mengungkap rahasia yang tersembunyi di dalam permainan.
