Terlahir dari kepompong di desa Old Home, Haibane muda — makhluk dengan halo dan sayap abu-abu kecil — terbangun di dunia yang tidak ia mengerti tanpa kenangan masa lalunya. Dinamai Rakka karena mimpi jatuh yang dia miliki saat berada di dalam kepompong, dia segera menjadi terbiasa dengan kehidupan di kota yang aneh. Namun, ada aturan ketat untuk Haibane, seperti dilarang meninggalkan desa atau mendekati tembok di sekitarnya. Ini, bersama dengan menghilangnya misterius jenis mereka di “Hari Penerbangan,” mulai mengganggu Rakka dan yang lainnya karena mereka hampir tidak tahu apa-apa tentang jenis mereka sendiri.
Haibane Renmei tidak hanya menceritakan kisah Rakka tetapi juga tentang orang-orang di sekitarnya, ketika mereka menjalani hidup mereka tanpa ingatan masa lalu ketika mencoba membebaskan diri dari rasa sakit sebelumnya dan akhirnya menemukan keselamatan.
