Chika Homura memulai karir sekolah menengahnya dengan tujuan: untuk mengembangkan kepribadian “gadis manis”. Setelah keluar dari tim bola voli meskipun berstatus all-star, Chika memutuskan untuk bergabung dengan Wind Instrument Club yang diremehkan di sekolah dan memainkan seruling, meyakini itu sebagai instrumen yang paling halus dan feminin. Untuk pertama kalinya dalam sembilan tahun, Chika bersatu kembali dengan teman masa kecilnya dan sebaliknya, Haruta Kamijou. Sayangnya untuk Chika, Haruta tidak tertipu oleh upayanya untuk menjadi lebih menawan. Tapi ini tidak menghalangi Chika, dan dia naksir instruktur band, Shinjirou Kusakabe — tetapi begitu juga Haruta!
Namun, kehidupan sekolah menengah Chika tidak akan berjalan sesuai rencana, ketika misteri mulai muncul di sekelilingnya dan teman-temannya. Anggota klub harus bekerja bersama untuk memecahkan misteri yang mengganggu sekolah, semuanya sambil berusaha mencari lebih banyak anggota untuk bersaing dalam kompetisi musik.
