Jubei Yagyu, Hanzo Hattori, Yukimura Sanada, Sen Tokugawa, Kanetsugu Naoe, dan Matabei Goto. Di dunia alternatif Hyakka Ryouran: Samurai Girls, ini bukan samurai legendaris dalam sejarah. Mereka adalah wanita muda berpakaian minim yang hidup di zaman di mana keshogunan Tokugawa tetap berkuasa, dan mereka semua telah dikirim ke Buou Academic School untuk mengasah kemampuan bertarung mereka.
Muneakira Yagyu, penguasa dojo Yagyu, adalah satu-satunya yang memiliki kemampuan untuk membawa para prajurit ini ke tingkat berikutnya, menjadikan mereka menjadi master samurai. Begitu dia membuka kekuatan tersembunyi Jubei dengan ciuman, gadis-gadis lainnya akan mengarahkan pandangan mereka untuk mendapatkan kekuatan itu untuk diri mereka sendiri.
Bersama dengan kelompok master samurai barunya, Muneakira akan memberontak melawan dewan siswa sekolah, yang telah menugaskan diri mereka sendiri dengan menindas siswa di dunia yang sibuk ini.
