Siswa sekolah menengah yang konservatif terhadap energi, Houtarou Oreki, berakhir dengan lebih banyak dari yang dia tawar ketika dia mendaftar ke Klub Sastra Klasik atas perintah kakaknya — terutama ketika dia menyadari betapa mendalamnya sejarah klub itu sebenarnya. Dengan penuh keragu-raguan, Oreki terseret ke dalam penyelidikan tentang misteri berusia 45 tahun yang mengelilingi ruang klub.
Didampingi oleh sesama anggota klubnya, Satoshi Fukube yang berpengetahuan luas, Mayaka Ibara yang tegas namun ramah, dan Eru Chitanda yang selalu ingin tahu, Oreki harus memerangi tenggat waktu dan kurangnya informasi dengan akal dan bakat tersembunyi, agar tidak hanya menemukan kebenaran yang terkubur. di bawah debu karya yang dibuat bertahun-tahun sebelum mereka, tetapi dari kasus sampingan kecil lainnya juga.
Berdasarkan seri novel ringan Koten-bu pemenang penghargaan, dan disutradarai oleh Yasuhiro Takemoto dari Suzumiya Haruhi no Shoushitsu, Hyouka menunjukkan bahwa kehidupan normal dapat penuh dengan misteri kecil, baik itu sejarah keluarga, film mahasiswa, atau bahkan bunga layu. yang membentuk cerita hantu.