Mentransfer kesadaran manusia ke dalam robot “Mesin-I” kini menjadi kenyataan berkat penemuan bijih berharga yang disebut “orichalt.” Namun, ada kemungkinan kesadaran gagal kembali ke tubuh inang, membuat mereka terjebak di dalam kerangka logam baru mereka untuk selamanya. Begitulah situasi para anggota Excavate Company, sekelompok penambang I-Machine yang ceroboh yang dipimpin oleh Grayman yang terkenal kejam, yang bertujuan mengumpulkan orichalt demi keuntungan.
Selama serangan penambangan, kelompok itu menyelamatkan Maya Mikuri, seorang siswa yang ditinggalkan oleh krunya. Dituduh mencuri informasi rahasia orichalt oleh mantan rekannya, dia bergabung dengan Excavate Company dengan harapan membersihkan namanya. Mereka kemudian memulai petualangan yang akan mengubah hidup mereka — termasuk Ido, anggota ace grup tanpa kenangan masa lalunya. Untuk pertama kalinya, Ido mungkin memiliki kesempatan untuk menemukan kembali identitas aslinya.
