Shuuzou ” Shuu ” Matsutani menjalani kehidupannya yang biasa dalam damai. Dia punya teman, cinta, dan hasrat untuk kendo. Merasa sedih setelah kalah dari saingan kendo-nya, Shuu menaiki cerobong asap untuk menyaksikan matahari terbenam di mana ia menemukan Lala-Ru, seorang gadis berambut biru yang pendiam mengenakan liontin yang aneh. Shuu berusaha berteman dengannya, meskipun dia tidak tertarik, dengan respons yang lembut.
Namun, harapannya hancur ketika seorang wanita, disertai dengan dua mesin ular, muncul dari udara tipis dengan satu tujuan dalam pikiran: menangkap Lala-Ru. Shuu, yang berkepala lembek seperti dia, mencoba menyelamatkan teman barunya dari penculiknya dan dipindahkan ke dunia gurun, tidak seperti apa pun yang pernah dia lihat sebelumnya. Namun, terlepas dari situasinya, Shuu hanya berpikir untuk menyelamatkan Lala-Ru, sampai dia benar-benar dipukuli oleh beberapa tentara. Ketika ia segera tahu, Lala-Ru dapat memanipulasi air dan liontinnya adalah sumber dari mana ia dapat menghasilkan cairan, komoditas langka di lingkungan barunya. Tapi sekarang, liontin itu hilang, dan Shuu adalah tersangka utama.
Ima, Soko ni Iru Boku adalah kisah menghantui tentang dunia dystopian, dan tentang Shuu, yang harus menanggung siksaan, kelaparan, dan kengerian perang untuk menyelamatkan gadis kesepian yang ia temukan duduk di atas cerobong asap.
