Inazuma Eleven Ares akan diatur dalam dunia paralel, yang terjadi setelah peristiwa pertandingan pertama, dan mengembangkan cerita dari perspektif tiga protagonis — Ryouhei Haizaki, Asuto Inamori, dan Yuuma Nosaka.
Ceritanya berkisar pada sekelompok anak laki-laki yang tinggal di sebuah pulau yang suka bermain sepak bola. Klub sepak bola mereka tiba-tiba dihapus, dan satu-satunya cara mereka bisa mendapatkannya kembali adalah dengan memenangkan Football Frontier. Protagonis Asuto Inamori dan kawan-kawan meninggalkan pulau itu ke Tokyo untuk menghadiri Sekolah Menengah Raimon dan mengambil Football Frontier. Tapi pertandingan pertama mereka melawan Seishou Gakuen peringkat satu.
