Inazuma Eleven Go: Chrono Stone ditetapkan setelah Holy Road Soccer Tournament. Pahlawan saat itu, Tenma Matsukaze, bepergian ke seluruh Jepang untuk mengajar sepak bola kepada anak-anak.
Dia kembali ke SMP Raimon setelah menyelesaikan misinya, tetapi yang mengejutkan, itu tidak lagi sama dengan SMP Raimon yang dia ingat. Klub sepak bola tidak ada, dan anggota tim juara di Holy Road Soccer Tournament tidak ingat untuk ikut serta dalam turnamen. Mereka tidak ingat Tenma atau permainan sepak bola yang mereka cintai. Ketika Tenma dibuat bingung oleh twist ini, Alpha, pemimpin Route Agents dan kapten tim Protokol Omega, tiba-tiba muncul di hadapannya. Alpha menyatakan bahwa ia dan timnya bertanggung jawab untuk menghilangkan hasrat untuk sepak bola di Raimon bersama dengan kenangan para anggota klub sepak bola: dan Tenma sendiri adalah yang berikutnya.
Saat itulah bocah aneh bernama Fei Rune muncul tepat pada waktunya untuk menyelamatkannya. Hanya siapa Fei, dan mengapa Alpha ingin menghilangkan sepakbola untuk selamanya? Tenma tahu bahwa dia perlu melakukan segalanya dengan kekuatannya untuk muncul sebagai pemenang. Ini adalah pertempuran yang bisa menyegel nasib sepak bola selamanya.
