Misaki Takahashi adalah siswa sekolah menengah umum yang sedang mempersiapkan ujian masuk universitasnya. Untuk mengurangi stres belajar, atau dia berharap, dia menerima bantuan sahabat kakak laki-lakinya, dan penulis terkenal, Akihiko Usami. Namun, Masaki akan mengetahui bahwa buku-buku Usami adalah genre yang sangat nakal, dan bahwa mungkin ada sesuatu yang nakal bangun di dalam Masaki juga.
Junjou Romantica juga mengikuti kisah tentang dua pasangan lain yang terhubung dengan Masaki dan “Romantica” milik Masaki.
Egoist menunjukkan hubungan yang sangat bersemangat, tetapi sering rumit, antara profesor universitas Hiroki Kamijou (yang hidupnya telah mencapai titik terendah sepanjang masa) dan dokter anak Nowaki Kusama, yang jatuh cinta pada Hiroki pada pandangan pertama dan akan melakukan apa saja untuk membuatnya bahagia.
Kisah ketiga, “Teroris,” menunjukkan betapa cinta obsesif dapat terjadi ketika Shinobu Takatsuki yang berusia delapan belas tahun akhirnya menemukan sesuatu yang tidak dapat ia miliki dengan mudah — profesor sastra You Miyagi.
Ada gairah yang melimpah ketika ketiga pasangan ini berusaha mencapai tujuan mereka dalam hidup sementara juga jatuh ke dalam godaan dan kesedihan dengan pasangan mereka.
