Selama fajar abad ke-21, Lembaga Penelitian Kurobe Perserikatan Bangsa-Bangsa didirikan di Jepang untuk menyelidiki artefak kuno, yang ditemukan selama pembangunan Bendungan Kurobe. Para ilmuwan dari seluruh dunia telah berkumpul di fasilitas untuk mempelajari objek tersebut, sementara anak-anak mereka menikmati kehidupan sehari-hari mereka di Mt. Sekolah Menengah Internasional Tate.
Yukine Shirahane, seorang gadis sekolah menengah yang dicadangkan, adalah putri kepala ilmuwan fasilitas itu. Saat mengunjungi ibunya di fasilitas itu, Yukina berhasil menyelesaikan sebagian dari teka-teki artefak. Yang mengejutkannya, apa yang muncul di hadapannya adalah Kennosuke Tokisada Ouma, seorang samurai muda dari zaman Sengoku.
Ketika ancaman mendekat dari luar angkasa, Yukina, bersama dengan Kennosuke, mendapati dirinya membela Bumi melawan pasukan invasi. Sepanjang jalan, dia menemukan misteri di balik Kennosuke dan alasan dia bertekad untuk melindunginya.
