Setelah kekalahan Myouri Unzen di tangan Medaka Kurokami dan Dewan Siswa, kedamaian telah kembali ke Akademi Hakoniwa — setidaknya, untuk sementara waktu. Segera, Medaka, Zenkichi Hitoyoshi, Kouki Akune, dan Mogana Kikaijima menemukan diri mereka terbungkus dalam skema jahat lain, yang dikenal sebagai “Rencana Labu,” yang dipimpin oleh kepala sekolah sendiri.
Namun, masalah pertama dewan adalah berurusan dengan kelompok siswa manusia super baru yang menyebut diri mereka “Partai Tiga Belas,” yang dipimpin oleh Oudo Miyakonojou yang egois tetapi kuat. Dengan Rencana Labu misterius, tirani Oudo, dan pelapisan kembali musuh lama, keadaan Akademi Hakoniwa jauh dari tenang, dan Medaka dan teman-temannya memiliki tangan penuh karena segala sesuatu hanya menjadi jauh lebih abnormal.
