Berada di sekitar gadis-gadis manis mengenakan pakaian lucu adalah semua keinginan Eruna Ichinomiya. Karena SMA Mikagura kebetulan memiliki seragam yang lucu, dia memutuskan untuk mendaftar di sekolah menengah bergengsi ini yang terkenal dengan klub budayanya.
Namun, dia tidak menyadari bahwa bergabung dengan klub adalah wajib, dan perwakilan dari masing-masing klub harus berjuang untuk mendapatkan peringkat. Berdasarkan peringkat ini, anggota klub diberikan perumahan dan makanan. Mengejar Seisa Mikagura, gadis paling cantik di sekolah, Eruna bergabung dengan klub yang akan pulang tetapi menemukan dirinya terdorong untuk bertarung dalam pertempuran klub berikutnya. Dengan perwakilan klub lainnya yang memiliki kekuatan unik, kompetisi ini pasti akan sengit!
Berdasarkan serial lagu populer, Mikagura Gakuen Kumikyoku mengikuti Eruna saat ia menjelajahi berbagai klub di sekolah dan membantu para anggota dengan kehidupan bermasalah mereka, yang semuanya juga bersaing untuk mendapatkan posisi teratas di sekolah.
