Di SM 101 (tahun ke-101 dari kalender Generasi Lanjut) entitas misterius yang hanya dikenal sebagai “UE”, atau “musuh tak dikenal”, menyerang dan menghancurkan Angel koloni ruang angkasa. Serangan brutal ini menjadi terkenal sebagai “The Day the Angel Fell”, dan menandai awal perang umat manusia untuk bertahan hidup.
Serial ini dimulai pada 108 M. ketika UE menyerang koloni luar angkasa Ovan, tempat Flit Asuno tinggal bersama ibunya. Ibu Flit dibunuh oleh UE, dan dalam barang-barangnya (dalam sebuah objek yang disebut “Perangkat AGE”) ia menemukan cetak biru untuk senjata yang kuat dari masa lalu – mesias kuno bernama “Gundam.”
Dari cetak biru ini, Flit menghabiskan beberapa tahun ke depan mempelajari teknik di pangkalan Federasi Bumi di koloni ruang angkasa Nora dan merancang AGE-1 Gundam. Tujuh tahun kemudian, di A.G. 115, Flit menyelesaikan Gundam, seperti halnya UE menyerang Nora. Flit dan pertempuran garis keturunannya yang mengemudikan AGE-1 untuk melindungi umat manusia akan segera dimulai.
