Di Feudal Jepang, orang-orang Edo dikepung oleh serangga raksasa yang merusak tanah. Orang-orang mati-matian meminta pemerintah untuk melakukan sesuatu. Dengan demikian Kantor Hakim Serangga didirikan, mengumpulkan prajurit yang kuat untuk mempertahankan diri dari serangan hama.
Mushibugyou mengikuti Jinbee Tsukishima, seorang pemuda yang berusaha untuk menjadi ahli pedang pendek seperti ayahnya. Untuk menebus insiden mengerikan yang terjadi karena kesalahannya, Jinbee berusaha untuk menggantikan ayahnya sebagai anggota Kantor Hakim Serangga. Dalam perjalanannya di sana, ia bertemu Haru yang cantik, seorang wanita muda yang membantu mengelola rumah teh keluarganya, dan terpaksa menggunakan pedangnya untuk menyelamatkannya dari nasib buruk. Tindakan keberanian yang membuatnya mendapat tempat di Hakim Serangga. Akankah pembasmi pemula ini bisa menyingkirkan tanah gerombolan serangga yang berkerumun di dalamnya?
