Bertahun-tahun yang lalu, setelah berakhirnya perang dunia berdarah, umat manusia berlindung di enam negara-kota yang damai dan sempurna … setidaknya di permukaan. Namun, Shion — seorang penduduk elit negara-kota No. 6 — memperoleh perspektif baru tentang dunia tempat ia tinggal, berkat pertemuan kebetulan dengan bocah misterius, Nezumi. Nezumi ternyata hanyalah salah satu dari banyak yang tinggal di gurun terpencil di balik tembok-tembok utopia yang seharusnya. Tetapi meskipun mengetahui bahwa bocah yang lain adalah buron, Shion memutuskan untuk membawanya masuk untuk malam itu dan melindunginya, yang mengakibatkan konsekuensi drastis: karena tindakannya, Shion dan ibunya kehilangan status mereka sebagai elit dan dipindahkan ke tempat lain, dan sisi gelap kota mulai dikenal.
Sekarang, lama setelah pertemuan pertama mereka yang mengubah hidup, Shion dan Nezumi akhirnya disatukan lagi — mantan elit dan bocah yang sedang dalam pelarian akan memulai sebuah petualangan yang, pada waktunya, akan mengungkapkan rahasia yang menghancurkan dari No. 6.
