Ren Amamiya, seorang siswa pindahan baru di Akademi Shujin, dikirim ke Tokyo untuk tinggal bersama teman keluarganya Sojiro Sakura setelah salah diadili karena membela seorang wanita dari serangan seksual. Saat dalam perjalanan untuk menghadiri hari pertamanya di sekolah barunya, Ren melihat ada aplikasi aneh muncul di teleponnya, memindahkannya ke dunia yang dikenal sebagai Metaverse, yang berisi “bayangan” orang: penggambaran terdistorsi tentang diri sejati mereka. Di Metaverse, ia membangunkan Persona-nya, kekuatan dari dalam yang memberinya kekuatan untuk melawan bayangan. Dengan bantuan siswa yang juga memiliki masalah yang sama, ia membentuk Pencuri Hati Phantom, berusaha menyelamatkan orang dari keinginan berdosa mereka dengan “mengambil hati mereka,” membuat pelaku kejahatan menyesali tindakan mereka dan membalik lembaran baru. Reputasi kelompok terus tumbuh eksplosif, membawa ketenaran baik positif maupun negatif.
Namun, selama puncak popularitas mereka, Ren ditangkap dan ditahan. Di sini, ia bangun untuk diinterogasi dengan keras, tetapi ini terputus dengan kedatangan Sae Niijima — seorang jaksa penuntut yang mencari jawaban. Hanya bagaimana dia akan bereaksi terhadap ceritanya, dan apa yang akan terjadi dengan Pencuri Hantu?
