Selama peristiwa Rozen Maiden yang asli, setelah mengitari “ya” di atas kertas dan setuju untuk melayangkan “sesuatu” yang tidak diketahui, “Jun Sakurada yang trauma bertarung bersama boneka-boneka seperti manusia yang dikenal sebagai Rozen Maidens. Tapi apa yang akan terjadi jika Jun mengitari “tidak”?
Jun, yang telah sembuh dari trauma sekolah sejak masa mudanya, menghabiskan waktunya untuk kuliah dan bekerja di toko buku. Namun, dia tidak merasa seolah-olah berada di mana saja. Suatu hari, dia menemukan sebuah buku yang berisi instruksi tentang cara membuat Rozen Maiden. Secara misterius, ketika ia tiba di rumah malam itu, volume kedua dalam seri buku telah dikirim ke rumahnya, bersama dengan beberapa potong boneka. Tapi ketika mereka mulai berdatangan, buku-buku itu berhenti datang, dan Jun mendapat pemberitahuan yang mengatakan bahwa buku-buku itu sudah tidak diterbitkan lagi. Dengan boneka yang tidak lengkap di tangan, dan pesan dari dirinya yang lain di dunia lain, Juni ini juga menemukan jalannya ke dunia Rozen Maidens.
