Cinta ada di udara ketika kisah Sakura Trick dimulai. Haruka Takayama dan Yuu Sonoda adalah teman terbaik di sekolah menengah, dan sekarang bersekolah di Misato West High School bersama-sama. Mereka ditugaskan ke kelas yang sama di tahun pertama mereka, tetapi diberi kursi di sisi yang berlawanan dari ruangan! Jika itu tidak cukup, diumumkan pada upacara penerimaan bahwa sekolah akan ditutup dalam tiga tahun. Ini tidak mengganggu mereka, karena mereka masih berencana untuk bersenang-senang bersama selama masa sekolah menengah mereka.
Haruka cemburu pada Yuu membuat teman baru, jadi keduanya memutuskan untuk memperdalam ikatan mereka. “Ayo kita lakukan sesuatu yang tidak akan pernah kita lakukan dengan gadis-gadis lain,” kata Yuu, dan mereka berbagi ciuman di ruang kelas yang kosong sepulang sekolah suatu hari. Setelah itu satu ciuman mengarah ke banyak ciuman, keduanya mulai menyadari bahwa hubungan yang mereka bagikan telah berubah sepenuhnya. Tetapi apa yang akan terjadi pada hubungan mereka begitu seorang kakak perempuan yang tidak setuju mulai curiga bahwa ada sesuatu yang terjadi di antara keduanya?
