Siswa sekolah menengah Makoto Itou pertama kali memperhatikan Kotonoha Katsura pada awal semester kedua, tahun pertama. Segera, dia menjadi terpesona oleh kecantikannya, tetapi rasa malu nya tidak memungkinkan dia untuk mendekati dia, meskipun mereka naik kereta yang sama setiap hari. Alih-alih, ia mengambil foto dirinya secara rahasia dan menjadikannya sebagai wallpaper ponselnya: sebuah pesona yang, jika disimpan tersembunyi, seharusnya akan membantu Anda mewujudkan cinta Anda. Namun, teman sekelas Sekai Saionji melihat gambar itu, tetapi alih-alih membentaknya, dia menawarkan untuk membantu menjebaknya dengan Kotonoha — bertindak sejauh berteman dengannya hanya untuknya. Dengan demikian, ketiganya memulai persahabatan yang agak dadakan.
School Days mengikuti kehidupan tiga remaja ini ketika mereka melintasi kegembiraan dan kesulitan yang datang dengan menjadi siswa sekolah menengah. Dalam sebuah kisah yang hidup dan penuh dengan romansa dan kemurungan, kisah ketiga siswa ini akan bertahan lama dalam ingatan setelah kesimpulan penting itu.
