Ribuan tahun yang lalu, naga kuno Bahamut membuat kekacauan di tanah Mistarcia, sebuah dunia tempat para dewa dan setan tinggal di antara umat manusia. Bekerja bersama untuk mencegah kehancuran dunia, para dewa saingan nyaris tidak berhasil menyegel Bahamut, setuju untuk membagi kunci di antara mereka sehingga naga itu akan tetap dipenjara selamanya.
Dengan dunia yang aman dari kehancuran Bahamut, itu adalah bisnis seperti biasa bagi para pemburu hadiah seperti Favaro Leone. Hidup dengan gaya hidup santai dan mementingkan diri sendiri, Favaro yang amoral melakukan pekerjaannya sementara dalam pelarian dari sesama pemburu hadiah Kaisar Lidfard, seorang pria saleh yang bersumpah membalas dendam kepada Favaro. Namun, kehidupan Favaro yang riang dilemparkan ke dalam kekacauan ketika ia bertemu Amira, seorang wanita misterius yang memegang setengah dari kunci perdamaian dunia yang rapuh.
Shingeki no Bahamut: Genesis menceritakan kisah sekelompok pahlawan tak terduga yang menemukan diri mereka terperangkap di tengah bentrokan epik antara dewa dan setan, dipaksa untuk mengukir jalan mereka sendiri dalam menghadapi badai yang akan segera terjadi.
