Setelah wabah psikokinesis yang tiba-tiba di 0,1% dari populasi, transformasi cepat menyapu dunia. Kemampuan seperti dewa untuk memanipulasi materi dari jarak jauh mengubah banyak pemegang kekuasaan menjadi kekerasan, menghasut periode pergolakan yang panjang. Akhirnya, setelah era kacau yang dibentuk oleh naik turunnya rezim yang menindas, manusia paranormal mampu mencapai perdamaian yang rapuh dengan mengisolasi masyarakat mereka, menciptakan dunia baru yang terikat oleh aturan yang kompleks.
Di kota Kamisu 66, Saki Watanabe yang berusia 12 tahun baru saja bangun dengan kekuatannya dan merasa lega untuk bergabung kembali dengan teman-temannya — Satoru Asahina yang nakal, si pemalu Mamoru Itou, Maria Akizuki yang ceria, dan Shun Aonuma, anak lelaki misterius yang Saki kagumi — di Sage Academy, sekolah khusus untuk paranormal. Namun, kegelisahan tampak ketika Saki mulai mempertanyakan nasib mereka yang tidak dapat membangkitkan kekuatan mereka, dan anak-anak mulai terlibat dengan hal-hal rahasia seperti Kucing Tainted yang dikabarkan dikatakan menculik anak-anak.
Shinsekai yori menceritakan kisah unik dari Saki dan teman-temannya saat mereka melakukan perjalanan untuk tumbuh menjadi peran mereka dalam utopia yang seharusnya. Namun, menerima peran-peran ini mungkin tidak mudah ketika dihadapkan pada kebenaran masyarakat yang kelam dan mengejutkan, dan malapetaka yang akan datang yang lahir dari dunia baru.
