Ketika ketegangan antara dunia sihir dan Academy City terus meningkat, Touma Kamijou dan tangan negasinya harus berhadapan dengan esper dan penyihir untuk melindungi kehidupan orang-orang di sekitarnya. Tentu saja, dia tidak sendirian dalam pertarungannya; apakah di sisinya atau tidak terlihat, sekutu dan musuh baik tua dan baru akan memasuki medan untuk membantunya.
Toaru Majutsu no Index II melanjutkan kisah aksi dan komedi, ketika skala pertempuran Touma dan sekutunya tumbuh semakin besar. Konflik perlahan-lahan muncul di cakrawala, dan sihir dan sains akan melintasi jalan sekali lagi dalam perang yang akan datang.
