Selamat datang di dunia Gensokyo yang menakjubkan, tempat youkai (sebutan untuk semua jenis makhluk spiritual), hewan, dan beberapa manusia hidup, sepenuhnya terpisah dari dunia kita oleh penghalang magis. Satu-satunya gerbang antara dua dunia adalah kuil Hakurei.
Reimu Hakurei adalah gadis yang bekerja di kuil itu. Kapan pun masalah penyebab supernatural (dikenal sebagai “Insiden”) terjadi, Reimu pergi bersama teman-temannya untuk menyelidiki, menghilangkan penyebabnya, dan semoga mengembalikan Gensokyo ke keseimbangannya.
