Setelah beristirahat dari hiruk-pikuk Tokyo, Souta Tawara kembali ke kota asalnya di Kagawa. Meskipun orang tuanya sudah tidak ada lagi, bekas restoran rumah dan restoran udon milik keluarganya mengingatkannya pada saat keluarganya masih bersama. Mengenang masa kecilnya, Souta memasuki restoran udon dan menemukan seorang bocah lelaki yang sedang tidur.
Pada awalnya, Souta tidak memikirkan pertemuan yang kebetulan dan memberi anak itu makanan dan pakaian. Namun, yang mengejutkannya, bocah itu tiba-tiba menumbuhkan sepasang telinga dan ekor yang berbulu! Souta segera mengetahui bahwa bocah lelaki tanpa nama itu sebenarnya adalah tanuki berubah-ubah yang dikabarkan telah mendiami Kagawa selama bertahun-tahun. Berpikir bahwa bocah itu hidup kesepian, ia memutuskan untuk menerimanya dan menamainya Poko.
Udon no Kuni no Kiniro Kemari mengikuti hubungan yang mengharukan antara Souta dan Poko, dan melalui waktu yang mereka habiskan bersama, Souta mengingat masa lalunya sendiri, tempat yang ditinggalkannya untuk kota, dan hubungan yang ia miliki dengan ayahnya.
